Zewnętrzna wzajemna ocena testu RT-PCR do wykrywania SARS-CoV-2 ujawnia 10 zasadniczych niedociągnięć naukowych na poziomie molekularnym i metodologicznym: konsekwencje fałszywie dodatnich wyników.

Drogi Czytelniku, dzisiaj zaczniemy od cytatu prof. Alberta Einsteina (z audycji radiowej United Jewish Appeal, 11 kwietnia 1943):

„Pogoń za prawdą i wiedzą jest jedną z najpiękniejszych rzeczy, do jakich człowiek jest zdolny, nawet jeśli duma z tego dążenia jest głównie na ustach tych, którzy są najmniej wypełnieni takimi dążeniami”.

Świat towarzyszy nam od prawie roku Pandemia korony zatrudniony. Podjęto wiele działań, aby opanować sytuację. W DTT Science-Tank Team nigdy nie poruszaliśmy tematu pandemii koronowej. Powód jest dość prosty. Aby sformułować naukową opinię na jakiś temat, potrzebujesz zdrowego i pełnego szacunku sporu, zwłaszcza w nauce. Dobrzy naukowcy zawsze to robili. Jeśli spojrzysz tylko na historię fizyki kwantowej i różne legendarne spory między naukowcami, dowiesz się, jak działa nauka. Niestety miało to miejsce obecnie Kryzys koronowy Aż do teraz nie mam dość właściwego sporu.

Nie trzeba dodawać, że podstawą różnych działań rządów jest Testy PCR reprezentować.

Praca opublikowana na początku 2019 roku: Wykrywanie nowego koronawirusa 2019 (2019-nCoV) za pomocą RT-PCR w czasie rzeczywistym - do znalezienia tutaj (https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.3.2000045)

autorzy:

Victor M Corman, Olfert Landt, Marco Kaiser, Richard Molenkamp4, Adam Meijer, Daniel KW Chu6, Tobias Bleicker1, Sebastian Brünink, Julia Schneider, Marie Luisa Schmidt1, Daphne GJC Mulders4, Bart L Haagmans, Bas van der Veer, Sharon van den Brink , Lisa Wijsman, Gabriel Goderski, Jean-Louis Romette, Joanna Ellis, Maria Zambon, Malik Peiris, Herman Goossens, Chantal Reusken, Marion PG Koopmans, Christian Drosten   

jest znany. Był i być może nadal jest uważany za główny czynnik wyzwalający wdrażanie Testy PCR.

Nie wchodząc w szczegóły pracy, chcielibyśmy przejść do jednej Sprawozdanie z przeglądu przyciągać uwage:

Źródło obrazu: Pixabay

Zewnętrzna wzajemna ocena testu RTPCR wykrywającego SARS-CoV-2 ujawnia 10 głównych błędów naukowych na poziomie molekularnym i metodologicznym: konsekwencje dla wyników fałszywie dodatnich - do znalezienia tutaj (https://cormandrostenreview.com/report/)      

autorzy:

Pieter Borger, Bobby Rajesh Malhotra, Michael Yeadon, Clare Crai, Kevin McKernan, Klaus Steger, Paul McSheehy, Lidiya Angelova, Fabio Franchi, Thomas Rain, Henrik Ullrich, Makoto Ohashi, Stefano Scoglio, Marjolein Doesburg-van Kleffens, Dorothea Klement, Ruth Schruefer, Berber W. Pieksma, Jan Bonte, Bruno H. Dalle Carbonare, Kevin P. Corbett, Ulrike Kämmerer             

      
Artykuł jest tłumaczeniem na język niemiecki najważniejszych punktów recenzji: Źródło (https://cormandrostenreview.com/report/):

Zewnętrzna wzajemna ocena testu RT-PCR do wykrywania SARS-CoV-2 ujawnia 10 zasadniczych niedociągnięć naukowych na poziomie molekularnym i metodologicznym: konsekwencje fałszywie dodatnich wyników.

W publikacji zatytułowanej „Wykrywanie nowego koronawirusa 2019 (2019-nCoV) za pomocą RT-PCR w czasie rzeczywistym"(Eurosurveillance 25 (8) 2020) autorzy zapewniają diagnostyczny przebieg pracy i protokół RT-qPCR do wykrywania i diagnozowania 2019-nCoV (obecnie znany jako SARS-CoV2), który ich zdaniem został zatwierdzony i zapewnia solidną metodologię diagnostyczną do stosowania w laboratoriach zdrowia publicznego. Mając na uwadze konsekwencje tej publikacji dla społeczeństw na całym świecie, grupa niezależnych badaczy dokonała przeglądu punktowego powyższej publikacji, w której

1) sprawdzeniu krzyżowym poddane zostały wszystkie elementy przedstawionego projektu badania,

2) plik Zalecenia protokołu RT-qPCR zostały ocenione pod kątem dobrej praktyki laboratoryjnej

i

3) parametry zostały zbadane przy użyciu odpowiedniej literatury naukowej w tej dziedzinie.

To opublikowane Protokół RT-qPCR do wykrywania i diagnostyki 2019-nCoV, a rękopis zawiera liczne błędy techniczne i naukowe, w tym nieodpowiedni projekt startera, problematyczny i nieodpowiedni Protokół RT-qPCR i brak dokładnego Walidacja testu. Ani prezentowany test, ani sam manuskrypt nie spełniają wymagań dopuszczalnej publikacji naukowej. Ponadto nie wspomniano o poważnych konfliktach interesów autorów. Wreszcie bardzo krótki czas między złożeniem a przyjęciem publikacji (24 godziny) sugeruje, że jest to systematyczny Proces wzajemnej oceny albo nie został tutaj wykonany, albo jest problematycznie niskiej jakości. Dostarczamy przekonujących dowodów na kilka naukowych nieścisłości, Wady i wady.

Wobec przedstawionych tu braków naukowych i metodologicznych jesteśmy przekonani, że redakcja Euronadzór nie ma innego wyboru, jak tylko publikować wycofać.

PODSUMOWANIE KATALOGU USTEREK ZNALEZIONYCH W PRACY

,de Papier Cormana-Drostena zawiera następujące szczegółowe błędy:

1. Nie ma określonego powodu, dla którego należałoby używać tak bardzo wysokich stężeń starterów w tym protokole. Opisane stężenia prowadzą do zwiększonego niespecyficznego wiązania i amplifikacji produktu PCR, co sprawia, że ​​test nie nadaje się jako specyficzne narzędzie diagnostyczne do wykrywania wirusa SARS-CoV-2.

2. Sześć nieokreślonych chybotliwych pozycji skutkuje ogromną zmiennością w rzeczywistych zastosowaniach laboratoryjnych tego testu; mylący, niespecyficzny opis w artykule Cormana-Drostena nie nadaje się jako standardowy protokół roboczy, co sprawia, że ​​test nie nadaje się jako specyficzne narzędzie diagnostyczne do identyfikacji wirusa SARS-CoV-2.

3. Test nie pozwala na rozróżnienie między całym wirusem a jego fragmentami. W związku z tym test nie może być używany jako narzędzie diagnostyczne w przypadku wirusów nienaruszonych (zakaźnych), co czyni go nieodpowiednim narzędziem diagnostycznym do identyfikacji wirusa SARS-CoV-2 i pozwalającym na wyciągnięcie wniosków na temat obecności infekcji.

4. Różnica 10 ° C w stosunku do temperatury renaturacji Tm dla pary starterów 1 (RdRp_SARSr_F i RdRp_SARSr_R) również sprawia, że ​​test nie nadaje się jako specyficzne narzędzie diagnostyczne do identyfikacji wirusa SARS-CoV-2.

5. Błąd krytyczny to brak wartości Ct, przy której próbka jest uważana za dodatnią i ujemną. Ta wartość Ct nie występuje również w kolejnych aplikacjach, co sprawia, że ​​test nie nadaje się jako specyficzne narzędzie diagnostyczne do wykrywania wirusa SARS-CoV-2.

6. Produkty PCR nie zostały zwalidowane na poziomie molekularnym. Fakt ten sprawia, że ​​protokół jest bezużyteczny jako specyficzne narzędzie diagnostyczne do wykrywania wirusa SARS-CoV-2.

7. Test PCR nie zawiera wyraźnej kontroli pozytywnej do oceny jego swoistości wobec SARS-CoV-2 ani kontroli negatywnej wykluczającej obecność innych koronawirusów, co sprawia, że ​​test jest specyficznym narzędziem diagnostycznym do identyfikacji SARS-CoV-2 Wirus jest nieodpowiedni.

8. Projekt testu w pracy Cormana-Drostena jest tak niejasny i wadliwy, że można iść w dziesiątki różnych kierunków; nic nie jest znormalizowane i nie ma SOP. To silnie kwestionuje naukową trafność testu i czyni go nieodpowiednim jako specyficzne narzędzie diagnostyczne do identyfikacji wirusa SARS-CoV-2.

9. Najprawdopodobniej artykuł Cormana-Drostena nie był recenzowany, co powoduje, że test nie nadaje się jako specyficzne narzędzie diagnostyczne do identyfikacji wirusa SARS-CoV-2.

10. Znajdujemy poważne konflikty interesów w przypadku co najmniej czterech autorów, oprócz tego, że dwóch autorów artykułu Cormana-Drostena (Christian Drosten i Chantal Reusken) jest członkami rady redakcyjnej Eurosurveillance. Konflikt interesów został dodany 29 lipca 2020 r. (Olfert Landt jest dyrektorem zarządzającym TIB-Molbiol; Marco Kaiser jest starszym badaczem w GenExpress i służy jako doradca naukowy TIB-Molbiol), co nie zostało zadeklarowane w oryginalnej wersji (i w PubMed -Version nadal brakuje); TIB-Molbiol to firma, która jako pierwsza wyprodukowała zestawy do PCR (Light Mix) na podstawie protokołu opublikowanego w rękopisie Cormana-Drostena i, mówiąc własnymi słowami, sprzedała te zestawy do PCR przed publikacją 20]; ponadto Victor Corman i Christian Drosten nie wspomnieli o swojej drugiej przynależności: komercyjnym laboratorium testowym „Labor Berlin”. Obaj są tam odpowiedzialni za diagnostykę wirusów [21], a firma jest aktywna w dziedzinie testów PCR w czasie rzeczywistym.

WNIOSEK

Decyzja co do tego, które protokoły testów powinny zostać opublikowane i ogólnie dostępne, leży w rękach Eurosurveillance. Decyzja o rozpoznaniu błędów, które są ewidentne w badaniu Cormana-Drostena, ma tę zaletę, że koszty i cierpienia ludzi zostaną znacznie zminimalizowane w przyszłości.
Czy nie jest w najlepszym interesie Eurosurveillance wycofanie tego dokumentu? Nasz wniosek jest jasny. Biorąc pod uwagę wszystkie olbrzymie wady i wady projektu protokołu PCR opisane tutaj, dochodzimy do wniosku, że nie pozostało zbyt wiele możliwości wyboru w ramach naukowej rzetelności i odpowiedzialności.

[1] Corman Victor M, Landt Olfert, Kaiser Marco, Molenkamp Richard, Meijer Adam, Chu Daniel KW, Bleicker Tobias, Brünink Sebastian, Schneider Julia, Schmidt Marie Luisa, Mulders Daphne GJC, Haagmans Bart L, van der Veer Bas, van den Brink Sharon, Wijsman Lisa, Goderski Gabriel, Romette Jean-Louis, Ellis Joanna, Zambon Maria, Peiris Malik, Goossens Herman, Reusken Chantal, Koopmans Marion PG, Drosten Christian. Wykrywanie nowego koronawirusa 2019 (2019-nCoV) za pomocą RT-PCR w czasie rzeczywistym. Przegląd euro. 2020; 25 (3): pii = 2000045. https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.3.2000045

[2] Komunikacja e-mailowa między Dr. Peter Borger i Dr. Adam Meijer: Materiał uzupełniający

[3] Jafaar i wsp., Korelacja między 3790 ilościową reakcją łańcuchową polimerazy - próbki dodatnie i dodatnie kultury komórkowe, w tym 1941 zespół ciężkiej ostrej niewydolności oddechowej izolaty koronawirusa 2. https://academic.oup.com/cid/advance-article/doi/10.1093/cid/ciaa1491/5912603

[4] BBC, 21 stycznia 2020 r .: https://www.bbc.com/news/world-asia-china-51185836;
Archiwum: https://archive.is/0qRmZ

[5] Google Analytics - zgony spowodowane COVID19 na całym świecie: https://bit.ly/3fndemJ
Archiwum: https://archive.is/PpqEE

[6] Testy laboratoryjne dla Centrum Technicznego Reagowania Kryzysowego COVID-19, NIVD pod
China CDC, 15 marca 2020 r .: http://www.chinacdc.cn/en/COVID19/202003/P020200323390321297894.pdf

[7] Podręcznik Real-Time PCR Life Technologies: https://www.thermofisher.com/content/dam/LifeTech/global/Forms/PDF/real-time-pcr-
handbook.pdf Nolan T, Huggett J, Sanchez E.Przewodnik dobrych praktyk w zakresie stosowania ilościowego PCR (qPCR) Wydanie pierwsze 2013

[8] Trestan Pillonel i in., List do redaktora: wykrywanie SARS-CoV-2 za pomocą RT-PCR w czasie rzeczywistym: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7268274/

[9] Kurkela, Satu i David WG Brown. „Techniki diagnostyki molekularnej”. Medycyna 38.10
(2009): 535-540.

[10] Wolfel i wsp., Wirusologiczna ocena hospitalizowanych pacjentów z COVID-2019
https://www.nature.com/articles/s41586-020-2196-x

[11] Narzędzie internetowe Thermofischer Primer Dimer: https://www.thermofisher.com/us/en/home/brands/thermo-scientific/molecular-biology/molecular-biology-learning-center/molecular-biology-resource-library /thermo-scientific-web-tools/multiple-primer-analyzer.html

[12] Primer-BLAST, NCBI - National Center for Biotechnology Information: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/

[13] Marra MA, Steven JMJ, Caroline RA, Robert AH, Angela BW i wsp. (2003) Nauka. Sekwencja genomu koronawirusa związanego z SARS. Science 300 (5624): 1399–1404.

[14] Ciężki ostry zespół oddechowy izolat koronawirusa 2 Wuhan-Hu-1, kompletny genom: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MN908947

[15] Borger P. Oczekiwano koronawirusa podobnego do SARS, ale nic nie zostało zrobione, aby się przygotować. W J Biomed Sci Res 2020. https://biomedgrid.com/pdf/AJBSR.MS.ID.001312.pdf
https://www.researchgate.net/publication/341120750_A_SARS-like_Coronavirus_was_Expected_but_nothing_was_done_to_be_Prepared;  Archiwum: https://archive.is/i76Hu

[16] Proces oceny / przeglądu dokumentu Eurosurveillance: https://www.eurosurveillance.org/evaluation

[17] Oficjalne zalecenie protokołu i rękopisu Cormana-Drostena wydane przez WHO, opublikowane 13 stycznia 2020 r. Jako wersja 1.0 dokumentu: https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/wuhan-virus -analiza-
v1991527e5122341d99287a1b17c111902.pdf; archive: https://bit.ly/3m3jXVH

[18] Oficjalne zalecenia WHO dotyczące protokołu Corman / Drosten RT-qPCR, które bezpośrednio wywodzą się z publikacji Eurosurveillance, wersja dokumentu 2-1, opublikowanej
17th January 2020: https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/protocol-v2-1.pdf?sfvrsn=a9ef618c_2

[19] Rada redakcyjna Eurosurveillance, 2020: https://www.eurosurveillance.org/upload/site-assets/imgs/2020-09-Editorial%20Board%20PDF.pdf; Archiwum: https://bit.ly/2TqXBjX

[20] Instrukcja użytkowania LightMix SarbecoV E-gene plus EAV Control, TIB-Molbiol & Roche Molecular Solutions, 11 stycznia 2020 r .: https://www.roche-as.es/lm_pdf/MDx_40-0776_96_Sarbeco-E-gene_V200204_09164154001 (1 ) .pdf
Archiwum, sygnatura czasowa - 11 stycznia 2020: https://archive.is/Vulo5;  Archiwum: https://bit.ly/3fm9bXH [21] Christian Drosten i Victor Corman, odpowiedzialni za diagnostykę wirusów w Labor Berlin:
https://www.laborberlin.com/fachbereiche/virologie/  Archiwum: https://archive.is/CDEUG

[22] Tom Jefferson, Elizabeth Spencer, Jon Brassey, Carl Heneghan Kultury wirusowe do oceny zakaźności COVID-19. Systematyczny przegląd. Przegląd systematyczny doi: https://doi.org/10.1101/2020.08.04.20167932-XNUMX-XNUMX-XNUMX https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.08.04.20167932v4

[23] Kim i in., The Architecture of SARS-CoV-2 Transcriptome: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867420304062

[24] Odpowiedź ECDC dla dr. Peter Borger, 18 listopada 2020 r .: Materiały dodatkowe

[25] Prof. Dr. Ulrike Kämmerer i zespół, badanie i tabela Primer-BLAST